Il santuario è dedicato alla veneratissima immagine di Santa Maria in Aula Regia. La presenza di questo edificio religioso viene attestata nel X secolo quando già il monastero vantava un ruolo importante.

Lungo un porticato di 142 arcate, realizzato verso la metà del Seicento, si giunge alla Chiesa di Santa Maria in Aula Regia, la Madonna del Popolo, nella parte occidentale della città: oltre ad istanze devozionali per il salvamento di Comacchio dalle acque del Po nel 1645, nelle intenzioni del cardinale legato Stefano Donghi (1644-1648) il loggiato, congiungendo la chiesa al centro abitato, avrebbe offerto ai visitatori dalla terraferma la prospettiva di una città raddoppiata. Ben poco si sa della chiesa originaria, prima dell’arrivo dei frati nel convento.

Nel XVI secolo infatti fanno il loro ingresso i padri cappuccini, voluti dal duca Alfonso II d’Este. Nel 1619 ha luogo l’incoronazione ufficiale della statua della Beata Vergine. L’attuale edificio risale al 1665, mentre la facciata neoclassica fu fatta costruire nel 1888. L’interno, ad un’unica navata, è coperto con volte a crociera, l’abside, a forma rettangolare con volta, comprende l’ancona in legno dipinto che ospita la statua chiamata un tempo Madonna del popolo, opera tardorinascimentale dell’arte ferrarese.